Os biofilmes são acumulações de diversos micro-organismos em superfícies vivas e não vivas. A formação dos biofilmes ocorre em quatro fases características: 1. transporte dos micro-organismos para a superfície; 2. adesão reversível à superfície; 3. depósito permanente, irreversível e fixação; 4. consequente colonização e associação complexa de diversos micro-organismos.  

Na acumulação irreversível, um importante papel é desempenhado pelas bactérias do ácido acético formadoras de muco ou outras bactérias ubíquas formadoras de muco, como Enterobacter cloacae, Klebsiella pneumoniae, Cryptococcus sp., Rhodotorula sp. entre outras. As cápsulas de muco desses organismos oferecem uma extraordinária proteção contra a secura, o calor e desinfetantes. Promovem assim a colonização de outros micro-organismos, os quais também se beneficiam da ação protetora das cápsulas de muco. Visto que as bactérias do ácido acético e outras bactérias formadoras de muco consomem o oxigênio do revestimento muito rapidamente, é criado um microambiente ideal, com pouco ou nenhum oxigênio, para micro-organismos microaerófilos ou anaeróbios prejudiciais para as bebidas. Micro-organismos parasitas da cerveja, puramente anaeróbios, como Pectinatus e Megasphera, encontram aqui um ambiente ideal para o seu crescimento. Visto que as bactérias do ácido láctico também colonizam frequentemente nestas áreas, geralmente aqui se encontram quantidades relevantes de ácido láctico, o qual é metabolizado por Pectinatus e Megasphera. A autólise dos micro-organismos agora mais maduros provoca um aumento do valor de pH, o qual promove o crescimento destes perigosos parasitas da cerveja.  

Da mesma forma, micro-organismos como, por ex., levedura de alta fermentação ou Leuconostoc e Lactobacillus prejudiciais para a cerveja, podem ser enriquecidos nos fabricantes de bebidas não alcoólicas. Em empresas de água mineral também foram detectadas bactérias coliformes, Escherichia coli e estreptococos fecais em camadas mucosas.

Nesta fase 4, associação complexa, também estão presentes biofilmes persistentes, os quais indicam falhas ao nível da higiene e um elevado risco de contaminação secundária dos produtos finais.